Zur Förderung der Forschungstätigkeit insbesondere von jungen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern hat das MWI den Preis für kontextuelle Theologien und Philosophien im Jahre 2000 ins Leben gerufen.Dieser Wissenschaftspreis soll alle zwei Jahre für innovative und kontextuelle Beiträge aus aller Welt verliehen werden. Das Thema wird jedesmal neu bestimmt: die Auswertung der Beiträge obliegt einer international besetzten Jury, die aufgrund der thematischen Kompetenz ad hoc zusammengesetzt wird.

2001 wurde zum ersten Mal der Wissenschaftspreis des MWI verliehen. Das Thema des Wettbewerbs war unser erster thematischer Schwerpunkt: "Religionen und Gewalt". Preisträger war Francis Gonsalves SJ aus Indien mit seinem Beitrag "Gods of war and wars of God". 

2003 wird zum zweiten Mal der Preis vergeben, diesmal zum dritten Schwerpunktthema "Religiöse Identität und Migration".