Die Stiftung AGORA wurde im Jahre 2000 durch den Verein "MWI" gegründet und am 7. September 2001 durch das Land Nordrhein-Westfalen offiziell genehmigt. Das MWI stellte auch das Gründungsvermögen in Höhe von 200.000 DM zur Verfügung. Ziel der Stiftung ist die Stärkung und Sicherstellung des zukünftigen Engagements des MWI zugunsten einer offenen, dialogfähigen und ökumenischen Theologie und Philosophie internationaler Prägung.

Für viele wissenschaftliche Vorhaben ist die Langfristigkeit, die eine Projektpartnerschaft gewährleistet, von entscheidender Bedeutung. Das finanzielle Engagement ist ein konkreter Ausdruck der Ernsthaftigkeit der partnerschaftlichen Beziehungen mit Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern aus dem Süden.